|
|
Virové a buněčné RNA-dependentní RNA polymerázy
Krupicová, Daniela ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Virové a buněčné RNA dependentní RNA polymerázy Krupicová Daniela Abstrakt RNA dependentní RNA polymerázy syntetizují RNA vlákno podle RNA předlohy. Lze je rozdělit na dvě velké vzájemně nepříbuzné skupiny - polymerázy virové (RdRp) a buněčné (RDR). Virové RdRp hrají zásadní roli v životním cyklu RNA virů, neboť zajišťují replikaci a transkripci jejich genomu. Strukturou, která připomíná "pravou ruku", se podobají ostatním typům jednopodjednotkových polymeráz. Nejvíce poznatků je o RdRp RNA virů s pozitivním jednovláknovým RNA genomem. Tyto znalosti poté pomáhají při vývoji antivirotik, jejichž cílem jsou tyto RdRp. Druhou skupinu tvoří buněčné RDR. Tyto polymerázy se nacházejí pouze u eukaryot. Jejich aktivní místo je homologické s aktivním místem vícepodjednotkových DNA dependentních RNA polymeráz. RDR se uplatňují v drahách RNA silencingu.
|
|
|
Vývoj chemických regulátorů drah mikroRNA a RNAi
Bruštíková, Kateřina ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent)
MikroRNA jsou nekódující RNA navozující sekvenčně specifickou inhibici genové exprese na posttranskripční úrovni. MikroRNA představují hlavní skupinu malých endogenních RNA v savčích buňkách. V současnosti je známo více než 2500 lidských mikroRNA, které potencionálně regulují více než 60% lidských genů kódujících proteiny. MikroRNA se účastní většiny buněčných procesů a změny v jejich expresi byly popsány u různých patologií, včetně rakoviny. V současnosti neexistuje žádná malá chemická sloučenina schopná efektivního ovlivnění aktivity dráhy mikroRNA. Nicméně, malé chemické sloučeniny představují skvělé nástroje pro výzkum procesů, ve kterých dráhy sekvenčně specifického umlčování RNA (RNA silencing) hrají roli. Navíc by mohly být využitelné i pro biotechnologické aplikace a mohly by mít i značný terapeutický potenciál. Tato práce je součástí širokého projektu, jehož konečným cílem je: (i) najít soubor malých molekul umožňujících stimulaci a inhibici drah sekvenčně specifického umlčování RNA a (ii) identifikovat případy, kdy se tyto dráhy vzájemně ovlivňují s jiných buněčnými drahami. Tato práce shrnuje výsledky prvních dvou fází projektu, vývoj vysoce výkonných metod testování s vysokou propustností a vysoce výkonné testování s vysokou propustností (high-throughput screening, HTS) dostupných...
|
|
|
Creating a biosensor for miRNA effector complex formation using CRISPR nucleases
Petržílek, Jan ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent)
miRNA jsou malé regulující RNA, které fungují jako posttranskipční regulátory mRNA. miRNA navigují ribonukleoproteinové komplexy na mRNA a umlčují je inhibicí translace a degradací. V savcích miRNA regulují tisíce různých mRNA a byly rozeznány jako regulující faktory ve většině buněčných a vývojových procesech. Poruchy v regulaci miRNA dráhy mouhou vézt k závažným defektům a nemocem. V myších oocytech existuje unikátní situace, kdy všechny komponenty miRNA dráhy jsou přítomny, ale přesto je ona dráha zbytná a nefunkční. Molekulární podstata tohoto fenoménu a jeho významu zůstává stále nejasná. I přes rozsáhlý účinek miRNA dráhy na genovou regulaci v somatických buňkách, strategie jak tuto dráhu studovat jsou limitované. Současné metody pro studium miRNA dráhy používají korelativní studie (jako například sekvenování nevé generace) nebo využívají reporterových systémů, které studují pouze relativně malé množství molekul v daném čase a jsou náchylné k artefaktům. V této práci prezentuji návrh a vývoj nové strategie pro přímé monitorování aktivity a integrity miRNA dráhy v živých buňkách za podmínek blízkých fyziologickým podmínkám. Tato strategie by mohla být použita in vivo pro studie myších oocytů. Tato strategie je založena na endogeně fluorescenčně značených proteinech ribonukleového komplexu AGO2...
|
|
|
Vývoj chemických regulátorů drah mikroRNA a RNAi
Bruštíková, Kateřina ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent)
MikroRNA jsou nekódující RNA navozující sekvenčně specifickou inhibici genové exprese na posttranskripční úrovni. MikroRNA představují hlavní skupinu malých endogenních RNA v savčích buňkách. V současnosti je známo více než 2500 lidských mikroRNA, které potencionálně regulují více než 60% lidských genů kódujících proteiny. MikroRNA se účastní většiny buněčných procesů a změny v jejich expresi byly popsány u různých patologií, včetně rakoviny. V současnosti neexistuje žádná malá chemická sloučenina schopná efektivního ovlivnění aktivity dráhy mikroRNA. Nicméně, malé chemické sloučeniny představují skvělé nástroje pro výzkum procesů, ve kterých dráhy sekvenčně specifického umlčování RNA (RNA silencing) hrají roli. Navíc by mohly být využitelné i pro biotechnologické aplikace a mohly by mít i značný terapeutický potenciál. Tato práce je součástí širokého projektu, jehož konečným cílem je: (i) najít soubor malých molekul umožňujících stimulaci a inhibici drah sekvenčně specifického umlčování RNA a (ii) identifikovat případy, kdy se tyto dráhy vzájemně ovlivňují s jiných buněčnými drahami. Tato práce shrnuje výsledky prvních dvou fází projektu, vývoj vysoce výkonných metod testování s vysokou propustností a vysoce výkonné testování s vysokou propustností (high-throughput screening, HTS) dostupných...
|
|
|
Virové a buněčné RNA-dependentní RNA polymerázy
Krupicová, Daniela ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Virové a buněčné RNA dependentní RNA polymerázy Krupicová Daniela Abstrakt RNA dependentní RNA polymerázy syntetizují RNA vlákno podle RNA předlohy. Lze je rozdělit na dvě velké vzájemně nepříbuzné skupiny - polymerázy virové (RdRp) a buněčné (RDR). Virové RdRp hrají zásadní roli v životním cyklu RNA virů, neboť zajišťují replikaci a transkripci jejich genomu. Strukturou, která připomíná "pravou ruku", se podobají ostatním typům jednopodjednotkových polymeráz. Nejvíce poznatků je o RdRp RNA virů s pozitivním jednovláknovým RNA genomem. Tyto znalosti poté pomáhají při vývoji antivirotik, jejichž cílem jsou tyto RdRp. Druhou skupinu tvoří buněčné RDR. Tyto polymerázy se nacházejí pouze u eukaryot. Jejich aktivní místo je homologické s aktivním místem vícepodjednotkových DNA dependentních RNA polymeráz. RDR se uplatňují v drahách RNA silencingu.
|
host ::
RSS.